核能安全科技中心

核能安全科技中心研發項目包括風險評估與管理技術、輻射防護與緊急應變技術、放射性廢棄物處理與處置技術、用過核燃料乾式貯存技術、系統工程整合與除役技術、非破壞檢測及監查作業、支援原能會及核四專案、建廠技術支援、核能儀控與檢證驗證、核燃料與材料壽命評估、核電廠功率與效率提昇評估、核能安全與管制技術等。

環境與能源科技中心

環境與能源科技中心係依據第六次全國科學技術發展會議結論及行政院二OO一年五月九日核定之「國家科學技術發展計畫」總目標之一，以積極推動能源與環保科技之發展，並建議由原子能委員會辦理「能源與環境科學中心」之規劃，本中心則於民國九十二年經原子能委員會核定成立。

輻射應用科技中心

核研所輻射應用科技中心主要從事核能發電應用外之其他輻射應用，於近十年來主要在癌症、腦及心臟疾病方面，研發核醫藥物，以提供國內核醫學界，並與歐美等先進國家同步發展。核醫藥物技術涵蓋有機配位子合成、放射化學標幟、藥物配方、無菌製劑及品管等核心技術。