核能研究所在所長、副所長之下設置兩個委員會、一個技術支援中心、一個技術推廣中心、十個功能組、一個專案計畫、三個任務中心暨五個業務支援單位,並彙集各類專業人才之頂尖研發團隊,持續專注於核能安全、核設施除役及放射性廢棄物管理、輻射應用、新能源與再生能源及環境電漿五大領域的研發。 並且充分配合政府政策,以應用核能科技、增進民生福祉、確保核能安全研究為發展目標。

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