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核研所是不具公權力的研究單位,原能會和核研所的預算各自獨立,不能互通。原能會已針對此事多次公開說明。此外,核研所執行外界委託研究案、技術服務案等,以及承接台灣電力公司之委託案及得標經費資訊,已納入年度決算中,並將收支等相關資料陳審計部及立法院審議,未有隱匿情事。